負担が少ないデフラグソフト（contig）

contigを使うと、特定のファイルや特定の拡張子のファイルだけにデフラグを実行できます。
ただし、ほかのツールのように、最初に全体的な再配置計画を立てるわけではなく、
現在の空き領域の中で工夫して（なるべく連続するように配置できる場所を探して）、
フラグメントを解消しているようです。（ほかのファイルをわざわざ別の場所へ退避させて、
大きな空き領域を作成しているわけではない）。そのため、場合によってはデフラグメントを
完全に解消できないこともあるのでほかのツールと組み合わせる必要がありそうです。

ダウンロード
http://technet.microsoft.com/ja-jp/sysinternals/bb897428(en-us).aspx

ダウンロードしてCドライブ直下に解凍。
基本的には
スタート＞ファイル名を指定して実行＞「cmd.exe」と入力してコマンドプロンプトを起動します。
「cd C:\」と入力してCドライブに移動。
「contig c:\* -s」でCドライブをデフラグします。

ほかのサイトをみているとDLLやEXEだけを指定して使っている人たちが多いような気がします。

start /b /low /wait Contig.exe -s c:\*.exe
start /b /low /wait Contig.exe -s c:\*.dll

をバッチファイルにして使用するのがお勧めです。